Česká společnost pro hudební vědu (ČSHV) byla založena na jaře 1990 jako součást Asociace hudebních umělců a vědců, organizace, která navazovala na zaniklý Svaz českých skladatelů a koncertních umělců.
Prvním předsedou byl zvolen Ivan Vojtěch. Po něm se vedení společnosti ujal Jiří Fukač a pak následoval Jaromír Černý, který však na valné hromadě na přelomu let 1996/97 podal návrh na ukončení činnosti a rozpuštění společnosti. Ovšem větší část členstva s návrhem nesouhlasila a tak byla do čela ČSHV navržena a zvolena Jarmila Gabrielová. Ta dala společnosti nový impuls k oživení činnosti a v druhém dvouletém funkčním období této předsedkyně se ČSHV roku 2000 odloučila od AHUV; v té době sídlila v Ústavu muzikologie na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy.
V letech 2002–2003, za předsednictví Jarmily Doubravové, se stala Česká společnost pro hudební vědu členem Rady vědeckých společností při Akademii věd České republiky. Na začátku roku 2004 byl zvolen do čela společnosti opět Jaromír Černý, jako čestný předseda se dvěma výkonnými místopředsedy Josefem Šebestou a Mikulášem Bekem.
Od roku 2007 vykonávala funkci předsedkyně tři roky Jitky Bajgarová a sídlem společnosti se stal na devět let Kabinet hudební historie Etnologického ústavu Akademie věd ČR na Puškinově nám. Jeho ředitel Lubomír Tyllner byl pak předsedou ČSHV do volební valné hromady v listopadu 2015. Po další tříleté období byl předsedou společnosti Karel Steinmetz a její sídlo bylo přesunuto opět na Filozofickou fakultu Univerzity Karlovy. V současnosti je předsedou Jan Baťa.