Výroční konference pořádá ČSHV každoročně.
Tématické zaměření jednotlivých konferencí s odkazy na programy:
2022 - Hudba a politika / Dosahy a přesahy hudební vědy
2021 - Hudba a divadlo – instituce, žánry, osobnosti, interpretace
2020 - Folklór a folklórní inspirace v hudbě
2019 - Skladatelská generace 1920-1930 - Aktuální výsledky muzikologického výzkumu
2018 - Rok 1918 jako mezník ve vývoji hudební kultury střední Evropy.
2017 - Forma, reforma a reformace v hudbě a hudební vědě. Melodram.
2016 - Shakespeare a hudba. Hudba a škola.
2015 - Jakub Jan Ryba a kantorská hudba 18. a 19. století. Česká a slovenská hudba 1918-1939
2014 - Stávající hudební instituce. Současný stav a perspektivy
2013 - Duchovní hudba - Hudba slovanské vzájemnosti - Hudba po roce 1989
2012 - Hudební regionalistka / Stará hudba v nové době
2011 - Hudební dílo, jeho interpretace a interpreti
2008 - Fenomén mecenášství v hudební kultuře / Kabeláč – Ištvan
2007 - Nové výsledky výzkumu českých muzikologů
2006 - Jak psát hudební dějiny? K teoretickým a metodologickým otázkám hudební historiografie
2005 - Collegium musicorum - Sdružení a sdružování v hudebních dějinách
2004 - Česká muzikologie ve třetím tisíciletí
2002 - Nové poznatky o hudbě v zemích Koruny české od počátků do r. 1622
2000 - Systematická muzikologie - nové poznatky v oborech hudební psychologie a etnomuzikologie